マラッカ

実はマラッカは行ったことがないのでスポット自体のことは分かりませんが...。
移動も観光のうち、と考えるならばそれなりに価値はあると思います。都市であるシンガポールとは別のよさがありますし。
2日目に市内観光ツアーで3,4日目フリーということで、1日はマラッカ(またはシンガポール近隣地域)にいくのがバランスの良いプランだと思います。
日系ツアーのコストパフォーマンスを気にされているのかもしれませんが、確かに安さとしてはナビさまでも紹介している高速バス往復のほうが安いものの、日本語ガイドもありますし始めての海外旅行でしたらツアーが良いかと思います。高速バスは次回のお楽しみと言うことで。 

116141123 様
ＯＰツアーがあれば是非参加された方が良いと思います。以前クアラから高速バスで行きましたが印象に残る旅になりました。ポルトガル、オランダ統治時代の建築物も保存されて世界遺産になっています。お土産屋さんでは明治政府発行の「１圓銀貨」と称する貨幣が山積みで売られていたりと愉しい街でした。ニャチャン料理も美味しく頂きました。当方　一人旅ですが復路のバスを間違ってローカルバスに乗り、クアラ迄６時間強で到着が遅くなり,宿のスタッフに心配をかけました。マラッカ海峡を航行する大型船のシルエットも絵になりますね。 

初めての海外旅行であり、シンガポールでの日程が２日半ということから言えば、シンガポール滞在のうちの半分をマラッカ行きに割いてしまうのはあまりお勧めできません。
香港から世界遺産どっさりのマカオに日帰りで行くのに比べたら、ご質問の通り、まる一日のほとんどを移動に費やしても見るものはごくわずかです。

たとえば何回もシンガポールに来たことがあったり、滞在に余裕があったり、東南アジアにはこれから訪れる予定がないので是非行ってみたいとか、特別の理由があれば、マラッカに行かれるのもよろしいと思います。
また、近いとは言っても、マレーシアへの国境越えツアーであり、短い日程でのご旅行は万一の場合（事件、事故、ケガ、うっかり紛失等）、以後の日程が立たなくなる危険性があります。

３泊４日ということは、４日目の夜にお帰りになるのでしょうか。となると、シンガポールの夜は２日目と３日目しかないということになりますが、ナイト・サファリですとか、セントーサ（リゾート・ワールドを含む）やマリーナ・ベイ・サンズの夜の見せ物などを楽しめる機会がひと晩だけということになるのではないかと思います。

あとで「マラッカに行っておけばよかった」と思うか、「シンガポールの夜を楽しんでおけばよかった」と思うかは、人それぞれですので、そのあたりをお考えになってお決めになればよろしいでしょう。 

>>knishikaさん
アドバイス有難うございます。2日目と4日目である程度シンガポール観光出来たら 3日目にマラッカへ行っても良いかと思いました。 

>>toppoさん
アドバイス有難うございます。ある程度シンガポール観光が出来て　1日余裕が出そうなら　マラッカ行きを検討しようと思います。 

>>realcubicsさん
アドバイス有難うございます。　指摘されました通り、マラッカへ行くと 夜の動物園へ行けなくなってしまうのです。　デモ騒ぎも有るので 緊急事態や万一の事もよく考えたほうが良いですね。　　深夜便で帰るので セントーサ島は最終日に行こうと思ってます。